Creo que todos sabemos que es Automatix.
Bueno y si alguien no sabe Automatix es un gestor de instalación para Ubuntu Linux que instala los programas de una forma muy fácil. Por ejemplo una de las utilidades que incluye Automatix y por la cual se ha hecho famoso es por la facilidad con la que se pueden instalar los controladores de Nvidia y ATI.
Pero «No todo lo que brilla es oro» nos dicta un viejo refran y esto va también para Automatix ya que después de la «facil» instalación de programas presenta muchos problemas con los mismos.
Lo que sucede es que Automatix en su afán de darnos la ultima versión de cada programa nos instala repositorios no-oficiales sin nuestro consentimiento lo que produce inestabilidad en nuestro sistema, ya que las actualizaciones que se reciben son de versiones en estado betas o alfa.
¿Que podemos hacer?
- Si ya tienes instalado Automatix, ejecutalo y en el menú Archivo (o File) desactiva los repositorios que tiene. De esta forma ya no recibirás las actualizaciones que podrían desestabilizar tu S.O. indiferentemente si es Ubuntu o no.
- Utiliza Google si no encuentras con Sinaptic los programas que buscas. Existe un sitio llamado getdeb donde puedes encontrar muchos programas listos para descargar y correr sobre Ubuntu.
- Desde consola también puedes instalar programas y actualizaciones utilizando los comandos apt o aptitude. Si no los puedes utilizar, en Google hay mucha información acerca de eso, solo es cuenstión de buscar.
Linux es tan tan grande que existen muchas otras formas de poder instalar programas de una forma fácil, solo es cuestión que investiguemos un poco para poder instalar los programas que deseamos sin necesidad de tener Automatix.
Puedes encontrar más información en:
Observaciones y Tecnología | Obux 
para mi en general automatix no es para nada peligroso, el problema es que en linux ya hay muchos windows user, acostumbrados que el OS haga todo para ellos, nisiquiera leen que carajos hacen, solo hacen click en siguiente siguiente, aceptar y finalizar, aunque tambien tenemos muchas fuentes de actualizacion como es el synaptic, aptitude, y muchas mas dependiendo de la distribucion o dependiendo del gusto del usuario.
@ Apolo:
Fijate que yo tuve ciertos problemas con Ubuntu y creo que fue precisamente por Automatix. El problema con automatix es que no te pregunta si tu quieres tener los repositorios no-oficiales activados. Claro que es una gran herramienta, pero como bien dices hay que conocerla y saber lo que se hace.
Saludos y gracias por tu comentario!!